Впервые упоминается в 1229 году. В 1315 году Шенкурский погост был куплен новгородским посадником. С 1446 года посад, в 1565 году под названием Вага был включён Иваном Грозным в число опричных городов. Входил в состав Важского уезда (середина XVI века). В 1629 году в грамоте царя Михаила Фёдоровича называется Шенкурск. С 1710 года главный город Важской области Архангельской губернии, с 1780 года уездный город Архангельского наместничества.
В 1899 году в Шенкурске насчитывались 231 жилой дом (в том числе 7 каменных), 52 торговые лавки, имелись 2 церкви, Свято-Троицкий женский монастырь (основан в конце XVII века), были открыты мужское духовное и 3 приходских училища, больница с аптекой. Жители Шенкурска занимались производством одежды и обуви; торговля имела местное значение. Ежегодно в Шенкурске проводилась Сретенская ярмарка (оборот в конце XIX века превышал 135 000 рублей).
В современном Шенкурске действуют предприятия лесной и деревообрабатывающей промышленности; маслозавод, пищекомбинат.
Работает Краеведческий музей.
Население: 1 500 (1897), 2 600 (1926), 7 400 (1979), 7 300 (1992).
