Климат резко континентальный. Средняя температура января -43°С, в отдельные дни морозы достигают -50°С и ниже. Средняя температура июля 37°С. Лето короткое, но тёплое и сухое. Осадков около 200 миллиметров в год. Крупный транспортный узел на северо-востоке Сибири. Узел автодорог. Связан Амуро-Якутской автомагистралью с железнодорожной станцией Беркакит на линии Тында - Нерюнгри. Имеется аэропорт.
Основан в 1632 году как Якутский (или Ленский) острог отрядом енисейских казаков под руководством Петра Бекетова на правом берегу Лены (примерно в 70 километрах ниже нынешнего города). В 1634 году возведён новый острог выше прежнего на том же берегу Лены. В 1642-1643 годах острог перенесён из-за затопляемости на место современного Якутска, на левый берег, в долину Туймаада - центр поселений якутов. В 80-е годы XVII века западнее острога заложен город и возведена деревянная крепость. В XVII - 1-й половине XVIII веков Якутск стал военно-административным и торговым центром Северо-Восточной Сибири и опорным пунктом русского освоения Дальнего Востока. Население Якутска состояло главным образом из русских (казаки, промышленники, купцы, ссыльные), со 2-й половины XVIII века увеличилось число якутов, которые в конце XIX века составляли 34-35% населения. С 1708 года Якутск входил в состав Сибирской губернии, с конца XVIII века в состав Иркутской губернии. С 1851 года центр Якутской области.
В начале XX века в Якутске числились 930 жилых домов, в том числе 79 якутских юрт, имелись 8 каменных и 8 деревянных православных церквей, синагога, были открыты 16 учебных заведений (в том числе реальное училище, женская гимназия, духовная семинария), областной статистический комитет с областным музеем, казённая типография, 2 библиотеки. С 1895 года Якутск имел еженедельное пароходное сообщение по Лене с Усть-Кутским селом, почтовое сообщение с Иркутском. На зимней ярмарке торговали скотом, мясом, молоком; на летнюю ярмарку привозились ткани, чай, пушнина, мамонтовая кость. Действовали 12 небольших кирпичных заводов. Якутск был застроен в основном деревянными домами, улицы покрывались деревянными настилами.
В Якутске отбывали ссылку декабристы А.А. Бестужев-Марлинский, С.Г. Краснокутский, 3.Г. Чернышёв, писатели Н.Г. Чернышевский, В.Г. Короленко.
В 1922-1990 годах Якутск - столица Якутской АССР. До начала 1920-х годов в Якутске работали небольшие предприятия, мастерские, небольшая электростанция.
Современный Якутск - это промышленный, научный и культурный центр Якутии. Основные отрасли - лёгкая промышленность (мебельная фабрика, швейная фабрика, сувенирная фабрика «Сардана»), пищевая промышленность (ликёроводочный завод, рыбный завод, молочный завод; объединение «Пищпром»; птицефабрика), действуют предприятия строительных материалов. Действует судоремонтный завод. Разрабатывается Кангаласский угольный разрез. Действует государственная районная электрическая станция (ГРЭС), теплоэлектроцентраль (ТЭЦ).
Работает Университет имени М.К. Аммосова, Сельскохозяйственный институт, Научный центр Сибирского отделения Российской Академии наук (объединяет около 30 научных институтов: истории, языка и литературы, биологии, физико-технических проблем Севера, горного дела Севера и другие, Научно-исследовательский институт мерзлотоведения (единственный в России)), Проектный институт «Якутгражданпроект», Проектный институт «Золотопроект», Проектный институт «Агропромпроект».
Работает Якутский драматический театр имени П.А. Ойунского, русский драматический театр, театр оперы и балета, филармония, Краеведческий музей, музей изобразительного искусства, литературный музей имени П.А. Ойунского, музей археологии и этнографии, музей музыки и фольклора, Международный музей варгана, дом-музей Е.М. Ярославского, дом-музей М.К. Аммосова. Действует Республиканская библиотека имени А.С. Пушкина. Действует Ботанический сад.
Город имеет регулярную планировку. Сохранились деревянная шатровая башня Якутского острога (1685), каменные здания Спасского монастыря (1664), Никольская церковь (1852), бывшие Архиерейские покои, публичная библиотека (1911), дом казначейства (1909). В 1969 году утверждён генеральный план Якутска. Возведены многие общественные здания: учебный корпус Университета (1967 год, архитекторы И.Н. Бондарев, Э.П. Путинцев, Е.Я. Нестеров), Городского исполнительного комитета (1975 год, архитектор Н.В. Суханов), Дом Советов (1976 год, архитектор Н.В. Суханов). Ведётся строительство крупнопанельных жилых домов, приспособленных к климатическим условиям Крайнего Севера.
Установлен памятник первым комсомольцам Якутии (1966 год, скульптор Ю.Г. Ожегов); Героям Гражданской войны, погибшим в боях за установление советской власти в Якутии (1977 год, скульптор В.С. Карамзин, архитекторы И.А. Слепцов, Ю.И. Холмогоров).
В Якутске находится «Шергинская шахта» - колодец глубиной 116,6 метров для изучения вечной мерзлоты (середина XIX века).
Население: 6 500 (1897), 11 000 (1926), 53 000 (1939), 74 000 (1959), 108 000 (1970), 153 100 (1979), 197 600 (1992).