Впервые упоминается в летописи под 1216 год. С середины XIII века входил в состав Тверского княжества. В XIII-XIV веках подвергался нападениям литовцев. В 1485 году присоединён к Московскому государству. В конце XVI - начале XVII веков неоднократно разорялся польско-литовскими отрядами. До конца XVII века Зубцов сохранял значение небольшой оборонительной крепости. В XVIII веке в связи со строительством Вышневолоцкого канала город становится удобной пристанью, перевалочным пунктом на пути в Петербург. С 1776 года уездный город Тверской губернии.
В период Великой Отечественной войны Зубцов был оккупирован немецко-фашистскими войсками с 11 октября 1941 года по 23 августа 1942 года.
Среди ведущих промышленных предприятий современного Зубцова - ремонтно-механический, машиностроительный, молочный заводы и льнозавод. Работает Краеведческий музей (филиал Тверского объединённого музея).
В застройке Зубцова сохранились фрагменты укреплённого городища (валы XII-XIII века), классицистический Успенский собор (1801) на берегу Волги, бывшая городская усадьба Крымовых (конец XIX - начало XX веков) на набережной Вазузы.
Близ города Зубцов жил известный драматург В.А. Озеров.
Население: 3 000 (1897), 3 700 (1926), 6 400 (1979), 7 800 (1992).